7 Haziran 2012 Perşembe

 AMİNOASİTLER


Aminoasitler,  PROTEİNLERin yapıtaşıdır.
İki işlev grubuna sahiptirler:
1. Asidik karakterli  "karboksil grubu" (-COOH)
2. Bazik karakterli  "amino grubu"
(-NH2)

Hem asit hem baz gibi davranabilme özellikleri nedeniyle "amfoter" maddelerdir ve tamponlama kabiliyetleri vardır.


Memelilerde genellikle 20 standart a.a. olduğu kabul edilir. (Most proteins are linear polymers built from series of up to 20 different L-α-amino acids.) Aralarındaki farkı R grupları yaratır, yani yukarıdaki şekildeki genel formüllerinde her aminoasitin R grubu farklıdır.


Amino asitlerin adları:  Glisin, Alanin, Valin, Lösin, İzolösin, Serin, Treonin, Metiyonin, Sistein, Prolin, Fenilalanin, Tirozin, Triptofan, Aspartik asit (Asparajin hali), Glutamik asit (Glutamin), Lizin, Arjinin, Histidin.


En basit a.a.  Glisin/Glycine  olup optikal aktivite göstermez.  (Bir bileşiğin optikçe aktif olabilmesi için molekülünde 4 farklı atom ya da atom grubu taşıyan bir karbon atomu içermesi gerekir.)

  • ASİDİK aminoasitler  (Monoamino dikarboksilik a.a.ler):
    Aspartik asit (Asp),  Glutamik asit (Glu)

  • BAZİK aminoasitler  (Diamino monokarboksilik):
    Lizin, Hidroksilizin, Arjinin, Histidin.  Yan grupları (+) yüklüdür.

  • Aromatik Aminoasitler:  Fenilalanin, Tirozin, Triptofan.

  • Yapısında Kükürt (S) içeren Aminoasitler:  Sistein (-SH) (serbest sülfhidril grubu içerir),  Methionin (beslenmede temel bir metil grubu kaynağı).

  • Hidroksil (-OH) grubu içeren aminoasitler:  Serin, Treonin, Tirozin.

    Proteinlerin fosforilasyonu sırasında fosfat grubu (PO4) alıcısı olarak işlev görürler.

  • Yapısında çift asimetrik karbon atomu içerenler:  İzolösin, Treonin.



ELZEM AMİNO ASİTLER: ... İnsan vücudunun sentezleyemediği, sağlıklı bir yaşam için gıdalar aracılığıyla dışarıdan almamız gereken aminoasitlere "elzem (esansiyel, eksojen) aminoasitler" denir. Yetişkinler için 8 adettir: Lizin, Lösin, İzolösin, Metiyonin, Treonin, Triptofan, Fenilalanin, Valin. Bebeklerde: Bunlara ek olarak Arjinin ve Histidin.     (www.canilecanan.com)

Bir proteinin bileşiminde elzem aminoasitlerin bulunma oranları, o proteinin beslenme kalitesini belirler. Genellikle hayvansal proteinlerin beslenme kalitesi bitkisellerden yüksektir.

*Elzem aminoasitler harici diğer a.a.ler, vücutta başta karbonhidratlar olmak üzere diğer besin maddelerinden sentezlenebilir.
(İlgilenenler için ekstra bilgi, bkz:  Wikipedia/Essential amino acid)



(Resimlerin üzerine tıklayarak büyütebilirsiniz.)




2 molekül Sistein'den Sistin oluşumu:


Amino asitler birbirlerine "Peptid bağları" ile bağlıdır. (The amino acids in a polypeptide chain are linked by  "peptide bonds".)
All amino acids possess common structural features, including an α-carbon to which an amino group, a carboxyl group, and a variable side chain are bonded. Only proline differs from this basic structure as it contains an unusual ring to the N-end amine group, which forces the CO–NH amide moiety into a fixed conformation.

N-terminal:  Serbest amino grubu (-NH2)
C-terminal:  (-COOH)


Each protein has its own unique amino acid sequence that is specified by the nucleotide sequence of the gene encoding this protein. The genetic code is a set of three-nucleotide sets called codons and each three-nucleotide combination designates an amino acid. For example AUG (Adenine-Uracil-Guanine) is the code for methionine, UUU (Uracil-Uracil-Uracil) is the codon for phenylalanine.
Genes encoded in DNA are first transcribed into pre-messenger RNA (mRNA) by proteins such as RNA polymerase. Most organisms then process the pre-mRNA (also known as a primary transcript) using various forms of post-transcriptional modification to form the mature mRNA, which is then used as a template for protein synthesis by the ribosome.


............ Ribozom:  Hücrede protein sentezinin gerçekleştiği bölüm. ribozomal RNA (rRNA) ve proteinlerden oluşmuştur. Virüsler hariç tüm hücrelerde bulunur. ..... Ribozomlar, mRNA (kodonlar) ile tRNA'lar (antikodonlar) arasındaki bağlantının kurulduğu organellerdir. "AUG kodonu" protein sentezini başlatıcı kodondur. Bu kodona Met-tRNAi molekülü bağlanır. Ribozom, mRNA üzerinde 5'--->3' yönünde hareket eder. Gerekli olan enerji GTP'den sağlanır. GTP (Guanosine triphosphate), protein sentezi ve glukoneogenez (glukoz sentezi) için temel enerji kaynağıdır. Polipeptid uzaması  (yani pro sentezi)  mRNA üzerindeki durma kodonlarına kadar devam eder  (UAG, UAA veya UGA).

Proteins are always biosynthesized from N-terminus to C-terminus. (Proteinler her zaman N-terminalden C-terminale doğru sentezlenirler - Translasyon)  The size of a synthesized protein can be measured by the number of amino acids it contains and by its total molecular mass, which is normally reported in units of daltons (synonymous with atomic mass units), or the derivative unit kilodalton (kDa).
............ Protein Sentezi hakkında ayrıntılı Türkçe bilgi edinmek için şu siteye bakabilirsiniz,  üye olmanız halinde resimlere erişim de mümkün olabiliyor:
http://www.msxlabs.org/forum/biyoloji/22077-protein-sentezi-protein-biyosentezi.html



The rate of protein synthesis is higher in prokaryotes than eukaryotes and can reach up to 20 amino acids per second.
Prokaryotlar / Prokaryote:  Bakteriler, mavi-yeşil algler, riketsiyalar, aktinomisetler ve mikoplazmaların dahil olduğu tek hücreli canlılar alemi. Hücre yapılarında gerçek bir çekirdek zarı ve membrana bağlı organelleri yoktur.  Fosfolipid barındıran hücre duvarına sahip olup tek helezonlu DNA molekülü hücre içinde serbest haldedir.  Penisilin gibi bazı antibiyotikler, bakterilerin protein sentezine müdahale ederek etki gösterirler. (Bakterilerin hücre çeperleri uzun peptidoglikan zincirlerinden oluşur.  Antibiyotikler bu molekülleri bir arada tutan peptid bağlantılarının sentezini önler.  Böylece hücre çeperleri zayıflar ve bakteri patlar  (lizis/lysis). Peptidoglikandan oluşan hücre çeperleri sadece bakterilerde bulunduğundan antibiyotikler sadece bakterilere zarar vermiş olurlar.)
Ökaryotlar/Eukaryote:  Bitki, hayvan, mantar hücrelerinde olduğu gibi. Hücredeki genetik malzemeler, zarla çevrili bir çekirdek içinde yer almaktadır.


7 yorum:

t.g. dedi ki...

Bu tür blog konuları tutmaaz.

canilecanan dedi ki...

Sorun değil. Tutan bloglara yönlenin siz.

burak dedi ki...

Güzel olmuş ama tabloda neye göre renk renk sınıflandırılmış a.a lar anlamadım

Adsız dedi ki...

Çok da güzel olmuş valla yapanın eline sağlık

canilecanan dedi ki...

Renklere göre sınıflandırma kıstasını sormuş birisi. Aslında daha kolay ezberlemek için, neden olmasın? :)

Dikkat ederseniz koyu pembeler Asidik, turkuaz renkliler Bazik aminoasitler. Diğerleri nötür gibi. Ancak hidroksil grubu içerenlerin hepsi yeşil grup içerisinde. Yan yana olanların çoğu birbirine çok benzeyen yapıdalar.
Birkaç kez dikkatle tekrar bakılırsa zamanla kolay unutulmaz.

Yağız Yılmaz dedi ki...

Bu tarz yazılar gelecekse blogu takipe alayım ben işime çok yarayacak bu yazı. Çok güzel olmuş biraz daha içerik olsa çok daha güzel olurdu. Elinize sağlık.

canilecanan dedi ki...

Aslında bu tarz pek çok bilimsel içerikte yazı neredeyse hazır halde şu anda hafızada kayıtlı. Sadece birkaç resim ekleme yapılacak ve son şekline bakıp yayınlanacak. Ancak maalesef yoğunluktan bir türlü ilgilenemiyorum  :(
Yine de motive edici yorumunuz için çok teşekkür ederim. Bundan sonra daha sık buraya uğramaya çalışacağım. Birilerinin faydalandığını öğrenmek çok güzel.